COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-01 17:00:00 31.725468 31.725468 28.271276
2020-12-31 17:00:00 30.569807 30.569807 27.921534
2020-12-30 17:00:00 25.415699 25.415699 27.498313
2020-12-29 17:00:00 24.559100 24.559100 27.185746
2020-12-28 17:00:00 28.939828 28.939828 26.936456
2020-12-27 17:00:00 36.001939 25.679059 26.600262
2020-12-26 17:00:00 30.785350 30.785350 26.185214

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-01 17:00:00 40.877368 40.877368 26.068460
2020-12-31 17:00:00 33.979136 33.979136 24.722027
2020-12-30 17:00:00 22.528363 22.528363 24.121587
2020-12-29 17:00:00 13.782991 13.782991 23.025191
2020-12-28 17:00:00 13.621262 13.621262 22.212504
2020-12-27 17:00:00 18.939394 2.577320 21.419739
2020-12-26 17:00:00 24.817518 24.817518 20.677724

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-01 17:00:00 31.643002 31.643002 24.415372
2020-12-31 17:00:00 21.940299 21.940299 23.878833
2020-12-30 17:00:00 20.000000 20.000000 22.815295
2020-12-29 17:00:00 26.459144 26.459144 21.559725
2020-12-28 17:00:00 30.909091 30.909091 20.718474
2020-12-27 17:00:00 23.684211 23.684211 19.995996
2020-12-26 17:00:00 44.642857 44.642857 19.437082

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-01 17:00:00 19.360269 19.360269 12.475478
2020-12-31 17:00:00 13.333333 13.333333 12.506455
2020-12-30 17:00:00 14.573191 8.130477 12.210337
2020-12-29 17:00:00 6.432518 6.432518 12.170652
2020-12-28 17:00:00 14.560440 14.560440 12.244422
2020-12-27 17:00:00 23.645971 23.645971 12.216448
2020-12-26 17:00:00 16.772824 16.772824 12.099903

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-01 17:00:00 10.591900 15.539123 13.621291
2020-12-31 17:00:00 10.889216 10.889216 12.983144
2020-12-30 17:00:00 12.246510 12.246510 13.266575
2020-12-29 17:00:00 25.901368 25.901368 13.758609
2020-12-28 17:00:00 22.013218 22.013218 13.544965
2020-12-27 17:00:00 31.827515 31.827515 12.978068
2020-12-26 17:00:00 24.976830 24.976830 12.512991

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-01 17:00:00 58.604547 58.604547 37.011712
2020-12-31 17:00:00 35.091211 35.091211 36.813789
2020-12-30 17:00:00 28.956981 28.956981 35.949239
2020-12-29 17:00:00 23.311604 23.311604 35.268672
2020-12-28 17:00:00 28.376844 28.376844 35.306076
2020-12-27 17:00:00 68.867418 28.600089 35.266989
2020-12-26 17:00:00 48.954558 48.954558 35.122323

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-01 17:00:00 39.766407 39.766407 36.398816
2020-12-31 17:00:00 39.012456 39.012456 35.566301
2020-12-30 17:00:00 52.142857 52.142857 34.976859
2020-12-29 17:00:00 31.724582 31.724582 34.168189
2020-12-28 17:00:00 32.465278 32.465278 33.578321
2020-12-27 17:00:00 39.669421 9.344581 33.228606
2020-12-26 17:00:00 36.245955 36.245955 31.327117

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-01 17:00:00 27.340289 27.340289 25.506783
2020-12-31 17:00:00 28.172832 28.172832 25.257487
2020-12-30 17:00:00 25.994540 25.994540 24.619684
2020-12-29 17:00:00 21.580439 21.580439 24.411442
2020-12-28 17:00:00 21.329212 21.329212 24.213754
2020-12-27 17:00:00 26.391140 26.391140 23.841403
2020-12-26 17:00:00 27.511024 27.511024 23.341232

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-01 17:00:00 41.658241 41.658241 33.318920
2020-12-31 17:00:00 40.067912 40.067912 32.441532
2020-12-30 17:00:00 21.249360 41.500000 31.285288
2020-12-29 17:00:00 30.168150 30.168150 29.759614
2020-12-28 17:00:00 25.859492 25.859492 28.280661
2020-12-27 17:00:00 24.688279 24.688279 27.481187
2020-12-26 17:00:00 31.192661 3.400000 26.535142

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-01 17:00:00 35.061955 35.061955 30.416604
2020-12-31 17:00:00 37.137908 37.137908 29.484198
2020-12-30 17:00:00 24.635547 24.635547 28.399048
2020-12-29 17:00:00 21.941697 21.941697 27.274159
2020-12-28 17:00:00 26.164384 26.164384 25.663918
2020-12-27 17:00:00 23.138034 23.138034 24.759783
2020-12-26 17:00:00 26.784523 26.784523 23.857107

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-01 17:00:00 21.868097 21.868097 16.733140
2020-12-31 17:00:00 19.265552 19.265552 16.013577
2020-12-30 17:00:00 17.483562 17.483562 15.396825
2020-12-29 17:00:00 19.148134 19.148134 14.913794
2020-12-28 17:00:00 27.637131 27.637131 14.586049
2020-12-27 17:00:00 33.456562 5.756997 14.143705
2020-12-26 17:00:00 16.220472 6.526216 13.686775

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-01 17:00:00 11.751663 11.751663 9.540849
2020-12-31 17:00:00 11.488251 11.488251 10.092889
2020-12-30 17:00:00 6.002729 6.002729 9.713943
2020-12-29 17:00:00 2.723735 2.723735 9.626523
2020-12-28 17:00:00 12.500000 12.500000 10.018637
2020-12-27 17:00:00 2.083333 2.083333 9.983974
2020-12-26 17:00:00 7.887324 7.887324 9.829872

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-01 17:00:00 40.909091 40.909091 36.521852
2020-12-31 17:00:00 45.936396 45.936396 35.065018
2020-12-30 17:00:00 38.938053 38.938053 33.610299
2020-12-29 17:00:00 51.123596 51.123596 32.475266
2020-12-28 17:00:00 29.850746 29.850746 31.588075
2020-12-27 17:00:00 24.463519 24.463519 31.458370
2020-12-26 17:00:00 -2.774566 4.853387 31.466298

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-01 17:00:00 64.333333 64.333333 54.028617
2020-12-31 17:00:00 81.841432 81.841432 54.501038
2020-12-30 17:00:00 38.703340 38.703340 51.873664
2020-12-29 17:00:00 36.764706 36.764706 51.122644
2020-12-28 17:00:00 66.000000 66.000000 49.404083
2020-12-27 17:00:00 82.692308 82.692308 48.820710
2020-12-26 17:00:00 33.972603 33.972603 46.696796

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-01 17:00:00 38.416848 38.416848 36.376094
2020-12-31 17:00:00 42.440236 42.440236 35.654697
2020-12-30 17:00:00 32.996845 32.996845 35.027079
2020-12-29 17:00:00 38.112523 38.112523 33.884045
2020-12-28 17:00:00 23.911383 23.911383 33.121643
2020-12-27 17:00:00 29.690461 29.690461 32.752170
2020-12-26 17:00:00 34.577114 34.577114 32.040021

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-01 17:00:00 87.957125 87.957125 35.787823
2020-12-31 17:00:00 39.434948 39.434948 35.392612
2020-12-30 17:00:00 30.548628 30.548628 33.809095
2020-12-29 17:00:00 20.593896 20.593896 32.688586
2020-12-28 17:00:00 21.245059 21.245059 32.143748
2020-12-27 17:00:00 14.313472 14.313472 31.773119
2020-12-26 17:00:00 63.477246 63.477246 31.516085

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-01 17:00:00 12.731078 12.731078 10.254348
2020-12-31 17:00:00 11.944174 11.944174 10.113509
2020-12-30 17:00:00 8.425379 8.425379 9.830207
2020-12-29 17:00:00 5.248869 5.248869 9.640490
2020-12-28 17:00:00 14.233577 14.233577 9.723892
2020-12-27 17:00:00 10.526316 10.526316 9.631704
2020-12-26 17:00:00 8.257757 8.257757 9.662127

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-01 17:00:00 24.933333 24.933333 21.744442
2020-12-31 17:00:00 29.623717 29.623717 21.249868
2020-12-30 17:00:00 20.460551 20.460551 20.632324
2020-12-29 17:00:00 19.268009 19.268009 20.146009
2020-12-28 17:00:00 17.506060 17.506060 19.697872
2020-12-27 17:00:00 19.802555 19.802555 19.272545
2020-12-26 17:00:00 13.474610 19.423250 18.987820

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-01 17:00:00 17.613636 17.613636 13.554903
2020-12-31 17:00:00 17.873303 17.873303 13.542806
2020-12-30 17:00:00 13.747759 13.747759 13.270825
2020-12-29 17:00:00 10.399079 10.399079 13.058074
2020-12-28 17:00:00 13.660377 5.779055 13.208728
2020-12-27 17:00:00 14.654616 6.788278 13.150237
2020-12-26 17:00:00 21.213720 21.213720 13.176049

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-01 17:00:00 23.408624 23.408624 19.695921
2020-12-31 17:00:00 28.142589 28.142589 18.927085
2020-12-30 17:00:00 33.820663 33.820663 18.243975
2020-12-29 17:00:00 16.479017 16.479017 17.305418
2020-12-28 17:00:00 30.877193 9.021015 16.924158
2020-12-27 17:00:00 10.778443 3.696099 16.367667
2020-12-26 17:00:00 11.805556 5.228088 16.261836

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-01 17:00:00 12.318841 12.318841 17.984619
2020-12-31 17:00:00 26.605505 26.605505 19.043317
2020-12-30 17:00:00 13.084112 13.084112 18.658289
2020-12-29 17:00:00 0.000000 0.000000 19.056815
2020-12-28 17:00:00 89.705882 30.147059 18.901265
2020-12-27 17:00:00 21.600000 21.600000 19.464202
2020-12-26 17:00:00 58.536585 58.536585 19.175219

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-01 17:00:00 77.738230 116.838906 88.523384
2020-12-31 17:00:00 75.011721 116.250908 85.384479
2020-12-30 17:00:00 72.317752 72.317752 82.842534
2020-12-29 17:00:00 69.868421 69.868421 80.616627
2020-12-28 17:00:00 82.674591 82.674591 79.066862
2020-12-27 17:00:00 81.469727 81.469727 78.266141
2020-12-26 17:00:00 45.255605 45.255605 76.033202

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 40.877368 40.877368 26.068460
Basilicata 31.643002 31.643002 24.415372
Calabria 19.360269 19.360269 12.475478
Campania 10.591900 15.539123 13.621291
Emilia-Romagna 58.604547 58.604547 37.011712
Friuli Venezia Giulia 39.766407 39.766407 36.398816
Lazio 27.340289 27.340289 25.506783
Liguria 41.658241 41.658241 33.318920
Lombardia 35.061955 35.061955 30.416604
Marche 21.868097 21.868097 16.733140
Molise 11.751663 11.751663 9.540849
P.A. Bolzano 40.909091 40.909091 36.521852
P.A. Trento 64.333333 64.333333 54.028617
Piemonte 38.416848 38.416848 36.376094
Puglia 87.957125 87.957125 35.787823
Sardegna 12.731078 12.731078 10.254348
Sicilia 24.933333 24.933333 21.744442
Toscana 17.613636 17.613636 13.554903
Umbria 23.408624 23.408624 19.695921
Valle d'Aosta 12.318841 12.318841 17.984619
Veneto 77.738230 116.838906 88.523384
© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

Exported from Italia/Percent_Positive.ipynb committed by maxdevblock on Fri Jan 1 17:08:43 2021 revision 142, 479d353